La Congregazione dei vescovi e regolari nasce nel 1601 con papa Clemente VIII che unisce due precedenti dicasteri della Curia romana: la Congregatio super consultationibus episcoporum (Congregazione sulla consultazione dei vescovi), fondata da papa Gregorio XIII nel 1576 e la Congregatio super consultationibus regularium (Congregazione sulla consultazione dei regolari), voluta da papa Sisto V nel 1586. Le due istituzioni vengono confermate nella costituzione Immensa Aeterni Dei con la quale Sisto V, il 22 gennaio 1588, riformava la Curia papale. A partire dal 1593 esse hanno un unico prefetto e nel 1601 i documenti pontifici segnalano il loro accorpamento, senza un atto formale in proposito, sotto il nome di Congregatio negotiis et consultationibus Episcoporum et Regularium praeposita, nota in seguito con il nome di Congregatio episcoporum et regularium. Nel Settecento e nell'Ottocento sorgono conflitti di competenza con altri due dicasteri romani, la Congregazione della disciplina dei regolari, istituita nel 1698, e la Congregazione sullo stato degli ordini regolari, creata nel 1846. Nel 1856 papa Pio IX decide che da quel momento i prefetti della Congregazione dei vescovi e regolari assumessero anche l'incarico di prefetti della Congregazione della disciplina dei regolari. Nel 1906 le Congregazioni della disciplina dei regolari e sullo stato degli ordini regolari vengono soppresse e le loro competenze affidate alla Congregazione dei vescovi e regolari; a quest'ultima vengono inoltre assegnate in esclusiva le competenze sui seminari. La Congregazione viene soppressa da papa Pio X con la Sapienti consilio del 29 giugno 1908.